AI设计的病毒基因组引发生物安全担忧
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AI设计的病毒基因组引发生物安全担忧

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战略概览

  • 01.
    斯坦福大学和Arc研究所的研究人员使用Evo 1和Evo 2基因组语言模型,生成性地设计了完整的噬菌体基因组,合成了302个设计的DNA序列,发现其中有16个产生了可存活、可复制的病毒,能够感染并杀死大肠杆菌(E. coli)[1]
  • 02.
    这项经过同行评审的研究《使用基因组语言模型进行噬菌体的生成式设计》于2026年8月发表在《科学》(Science)期刊上。
  • 03.
    AI设计的噬菌体仅靶向细菌而不影响人类,因为Arc研究所刻意从模型的训练数据中排除了感染人类的病毒序列。
  • 04.
    AI生成的噬菌体鸡尾酒疗法在1到5次传代内克服了耐抗生素的大肠杆菌菌株,而天然的phiX174噬菌体单独使用时对这些耐药菌株完全无效。

深度分析

深入Evo:学会编写生命代码的基因组语言模型

本次实验背后的核心基因组基础模型Evo有着不同寻常的起源:它是一种语言模型,但训练数据是DNA而非英语。Arc研究所与斯坦福大学的Hazy Research团队于2024年3月推出了Evo 1,这是首个在大规模DNA数据上训练的基因组基础模型,具备跨DNA、RNA和蛋白质的预测与设计能力[1]。Evo 1的预训练数据包含约270万个原核生物和噬菌体基因组;到2025年2月,其继任者Evo 2已扩展至涵盖生命树上约12.8万个生物体的约9.3万亿个核苷酸[2],成为迄今为止构建的最大规模AI生物学模型[3]。Hie的团队随后将这一训练好的模型聚焦于一个具有历史意义的目标:phiX174——一种约5400个碱基对、包含11个基因的噬菌体,它是首个被完全测序的基因组,数十年后又成为首个从头化学合成的基因组[4]

研究团队并未修改现有噬菌体,而是让Evo从零开始生成整个基因组。在合成并测试的302个AI设计的基因组序列中,有16个成功‘复活’:‘计算机设计的噬菌体开始复制,最终裂解细菌并将其杀死’[5]。这些存活下来的噬菌体并非微小变异:功能性AI设计的噬菌体相对于最近的天然噬菌体序列,各自携带了67至392个新突变[6];在直接对比测试中,部分AI生成的噬菌体在杀死细菌方面表现优于天然phiX174[7]。约5%的成功率听起来可能不高,但对于一个被要求首次尝试就写出可自我复制生物完整蓝图的模型而言,这一成功率已相当惊人。

这项研究存在的真正原因:抗生素耐药性

Arc研究所和斯坦福大学开发该系统并非为了证明AI能凭空编写病毒,而是因为细菌对抗生素的耐药性正日益成为危机,而噬菌体疗法是为数不多的可行替代方案之一。天然phiX174在对抗三种耐抗生素大肠杆菌菌株时完全失败,而AI生成的噬菌体鸡尾酒疗法在仅1至5次传代内就成功克服了这三种菌株的耐药性[7]

这正是其治疗前景所在:研究人员无需等待自然界演化出能超越耐药菌的噬菌体,而是可以生成性地设计出一个或一整套噬菌体,并以远超自然演化的速度进行迭代。负责构建本研究验证流程的Samuel King直白地表达了其潜力,称他看到了‘这项技术的巨大潜力’[8],包括将工程化的噬菌体样颗粒用作基因治疗的递送载体。这提醒我们,推动当前生物安全讨论的同一生成能力,此刻正被用于应对医学领域最顽固的未满足需求之一。

“对人类无威胁”遭遇“治理体系尚未建立”

Arc研究所自身对该研究的描述极力强调一个关键保证:‘由于训练数据中刻意排除了人类病毒序列,Evo无法生成人类病毒序列,从而防止了病原体设计中的意外或蓄意滥用’[6]。按照这一说法,这16种可存活噬菌体严格意义上只是针对大肠杆菌的细菌杀手,模型本身并未赋予其感染人类的能力。

然而,约翰·霍普金斯大学健康安全中心的生物安全研究人员对此架构并不放心。Thomas Inglesby和Moritz Hanke指出,真正的问题不在于这项具体研究,而在于它所证明的已成为现实的能力:‘使用生成式AI编写病毒基因组的能力现已存在,但确保其安全引导的治理体系却不存在’[9]。Hanke的表述更为直白:‘技术发展速度与监管跟进速度之间存在巨大脱节’[9]

即便是数十年前曾亲手化学合成phiX174的基因组先驱J. Craig Venter,也认为AI方法只是他所熟悉的试错过程的加速版,并不认为当前仅针对细菌的形式具有根本性的威胁。但他明确划出了应谨慎对待的界限:‘我强烈呼吁在任何病毒增强研究上保持极度谨慎。如果有人对天花或炭疽这么做,我会非常担忧’[8]。这种张力——当前通过训练数据设计确保安全的技术,原则上却可移植至未来更危险目标——正是约翰·霍普金斯大学所指出的治理空白。

Reddit上的两极反应:末日玩笑 vs. 领域专家

网络上的反应几乎立刻分裂为两个阵营。在X平台上,该消息通过综合新闻账号迅速传播,报道将其描述为AI设计出可感染细胞的完整病毒基因组,同时伴随评论称科学家正发出紧急生物安全警报,两种解读在同一新闻周期中并存。在Reddit上,r/worldnews、r/technews和r/news等子版块的讨论帖最初充斥着关于AI制造病毒的本能式末日玩笑,这类反应几乎是任何‘AI+病毒’标题必然引发的直觉反应。

但在这些帖子中,更实质性的回复来自真正了解生物学的人。自称生化学家和生物信息学研究人员的用户纷纷介入澄清:噬菌体并非人类病原体,phiX174类噬菌体约5000个碱基对,已被研究数十年,且人类、动物和植物的基因组数据被刻意排除在模型训练之外,以降低滥用风险。结果并非达成共识,而是一种真实分裂:普通观察者对‘AI病毒’标题做出反应,而领域专家则坚持认为底层的噬菌体疗法科学是正当的,且远比AI包装所暗示的更悠久,同时仍承认长期的双重用途问题确实存在。

历史背景

Evo作为首个在大规模DNA数据上训练的基因组基础模型被推出,具备跨DNA、RNA和蛋白质的预测与设计能力。
发布了Evo 2,其训练数据涵盖生命树上超过12.8万个完整基因组,成为迄今为止最大的AI生物学模型。
发布了一篇预印本,描述了使用Evo 1和Evo 2首次生成设计出可存活噬菌体基因组的研究,早于同行评审发表。
同行评审研究《使用基因组语言模型进行噬菌体的生成式设计》正式发表,确认302个AI设计基因组中有16个具有功能。

关键关系图

关键玩家
主题

AI设计的病毒基因组引发生物安全担忧

AR

Arc Institute

独立研究非营利机构,联合开发了Evo基因组语言模型并主导噬菌体设计研究;控制着Arc声称可防止Evo设计感染人类病毒的训练数据排除机制。

ST

Stanford University

学术合作机构,其教职员工(包括通讯作者Brian Hie)共同领导研究,并为研究提供同行评审的学术背书。

BR

Brian Hie

Arc研究所创新研究员兼斯坦福大学助理教授;作为主要研究者和通讯作者,指导Evo模型在基因组设计中的应用。

SA

Samuel King

项目负责人,构建了基因注释流程和验证检测,确定了302个AI设计基因组中哪些真正有效,是本研究核心结果的把关者。

JO

Johns Hopkins Center for Health Security

生物安全监督机构,其研究人员公开将该研究定性为暴露治理空白,塑造了关于生成生物学监管的政策讨论。

事实来源

9 条引用
  1. [1] Introducing Evo: A Genomic Foundation Model (Stanford Hazy Research)
  2. [2] Stanford/Arc Team Reports AI-Made Viruses That Kill Bacteria (BiopharmaTrend)
  3. [3] Evo 2, One Year Later (Arc Institute)
  4. [4] Biology of the Future (BioTecNika)
  5. [5] How AI Designed a New Kind of Virus (MIT Technology Review)
  6. [6] Hie and King: The First AI-Designed Synthetic Phage (Arc Institute)
  7. [7] AI Program Designs New Bacteriophages (Chemical & Engineering News)
  8. [8] AI Creates Bacteria-Killing Viruses, 'Extreme Caution' Warns Genome Pioneer (Newsweek)
  9. [9] Scientists Warn of Biosecurity Governance Gap as AI Creates New Viruses (Common Dreams)

来源文章

Top 1

THE SIGNAL.

Analysts

警告生成式AI当前能力与现有生物安全监管之间存在紧迫的治理空白。

Thomas Inglesby and Moritz Hanke
约翰·霍普金斯大学公共卫生学院,健康安全中心

认为AI方法是现有试错技术的加速版本,但若该技术应用于危险的人类病原体,则应极度谨慎。

J. Craig Venter
基因组先驱,首位化学合成phiX174基因组的科学家

称这项工作是迈向AI设计生命形式的重大一步,指出AI设计的病毒携带了新基因、截短基因以及不同的基因顺序和排列。

Jef Boeke
生物学家,纽约大学朗格尼健康中心

将结果描述为AI首次展示编写连贯基因组规模序列的能力,回忆起在显微镜下看到AI设计病毒时的震撼时刻。

Brian Hie
Arc研究所/斯坦福大学,首席研究员

看到该技术的强大潜力,包括将工程化噬菌体样颗粒用作基因治疗递送载体。

Samuel King
研究员,Arc研究所/斯坦福研究项目
The Crowd

JUST IN - For the first time, AI has designed complete viral genomes, producing 16 functional viruses that infect bacteria and "pose no threat to people." — BBC

@@disclosetv6795

JUST IN: Scientists warn of “urgent” biosecurity concerns after AI successfully designs 16 new viruses capable of replicating inside cells.

@@Polymarket7119

Scientists at the Arc Institute in Palo Alto have used AI to successfully create entirely new kinds of viable viruses that have never existed before in nature. The study was published today in Science. Reporting by the New York Times.

@@AndrewCurran_607

Safety fears as scientists make first viruses designed by AI

@u/christianrojoisme3100
Broadcast
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